Im Hangar des Palastes von Theed werden Senatorin Padmé Amidala sowie Abgeordneter Jar Jar Binks und der Protokolldroide C-3PO von Königin Neeyutnee sowie Captain Gregar Typho empfangen. Von der Königin erfährt Senatorin Amidala, dass Naboo von Kampfdroiden bedroht wird, was die ersten Vorzeichen einer baldigen Invasion sein könnten. Zwar haben die Sicherheitskräfte der Naboo einige Droiden im Grasland aufgegriffen, doch weiß Amidala nur zu gut, dass ein paar Droiden den Galaktischen Senat nicht zum Handeln bewegen können. Als Captain Typho die Information erhält, dass die aufgegriffenen Droiden zur analysiert werden können, marschieren Padmé und die Königin zu einem nahe gelegenen Werkraum, wo sie einen B1-Kampfdroiden sowie einen Taktikdroiden einer genaueren Betrachtung unterziehen. An dem Taktikdroiden fällt Padmé sogleich auf, dass dieser mit Schlamm beschmiert ist, was ihr ungewöhnlich erscheint, wo er doch im Grasland überwältigt wurde. Derweil lässt sich Jar Jar Binks von einem Faulkäfer ablenken, der aus dem B1-Kampfdroiden krabbelt. Auf der Jagd nach dem schmackhaften Insekt wendet sich der Gungan von der Gruppe ab und hetzt wild durch den Raum. Auf Padmés Anweisung verhört C-3PO den Taktikdroiden, woraufhin dieser ein Virus erwähnt, von dem eine kleine Menge von einem Geheimlabor auf Naboo entwichen ist. Die weitere Unterhaltung mit dem Droiden wird jäh unterbrochen, als Jar Jar während der Jagd nach dem Käfer eine Regalreihe voller Ersatzteile umwirft, welche anschließend den Droiden unter sich begraben. Der Droide wird dadurch schwer beschädigt und erleidet einen Kurzschluss. Jar Jar entschuldigt sich für das Missgeschick und erzählt von der Seltenheit dieser Faulkäfer, die lediglich unter den Perlotebäumen im östlichen Gungan-Sumpfland zu finden sind. Jar Jar ahnt nicht, dass er mit dieser Aussage womöglich dem Standort des Geheimlabors auf die Schliche gekommen ist. Unverzüglich treten die Naboo mit Yoda und Mace Windu vom Jedi-Rat in Kontakt, um Hilfe anzufordern. Zwei Jedi sollen sich dieser heiklen Angelegenheit annehmen. Padmé bittet darum, dass Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker mit dieser Mission beauftragt werden, was auf Zustimmung stößt. Anschließend macht sich Padmé in Begleitung von Jar Jar Binks auf den Weg, um das Geheimlabor aufzuspüren, während Captain Typho den Gedächtnisspeicher des Taktikdroiden untersuchen soll. Im Grasland treffen Padmé und Jar Jar, die mit einem Naboo-Aufklärungsschiff und luftdichten Sicherheitsanzügen unterwegs sind, auf die Shaak-Hüterin Peppi Bow. Die Gungan-Frau ist aufgebracht, da ihre Shaak-Herde vom Fluss getrunken hat und einige Tiere kurz darauf sterbend zusammengebrochen sind. Nachdem Peppi Bow klar wird, dass die beiden gute Absichten hegen, weist sie ihnen bereitwillig den Weg zu den Perlotebäumen. Doch Padmé rät ihr davon ab, sie zu begleiten, und stellt sie stattdessen unter den Schutz einiger Naboo-Soldaten. Im Sumpfland werden Padmés und Jar Jars Schritte von dem verrückten Wissenschaftler Nuvo Vindi verfolgt, der seine Kampfdroiden auf sie hetzt, um die Senatorin und ihren Abgeordneten gefangen zu nehmen. Derweil stolpert Jar Jar über einen Ast und landet direkt auf einer Luke, die in das Innere des Geheimlabors führt. Padmé kann gerade noch Typho alarmieren und einen Geoscan in Auftrag geben, ehe sie und Jar Jar von Kampfdroiden überwältigt und gefangen genommen werden.

Padmé und Jar Jar werden in das unterirdische Geheimlabor von Dr. Nuvo Vindi verschleppt, der den beiden Erklärt, dass er in der Lage sei, Leben zu erschaffen. Um seine Aussage zu beweisen, zeigt er seinen Gefangenen eine mit einer blauen Flüssigkeit gefüllten Kapsel. Es handelt sich um den berüchtigten Blauschattenvirus, der bereits seit Jahren als ausgestorben gilt. Mit der Unterstützung der Konföderation unabhängiger Systeme ist es Vindi gelungen, eine neue, weitaus gefährlichere Form dieses Virus zu erschaffen. Während die ursprüngliche Form des Virus eine Flüssigkeit darstellte, kann Dr. Vindi nun den Virus in einen völlig neuen Aggregatzustand mutieren lassen. Mithilfe von elektrischen Impulsen verwandelt er die Flüssigkeit in ein Giftgas, wodurch sich der Virus nun auch über die übertragen lässt. Nur eine mit dem Giftgas bestückte Bombe würde ausreichen, um einen gesamten Planeten zu infizieren. Padmé ist schockiert und erklärt, dass keine Lebensform immun gegen den tödlichen Krankheitserreger sei und er gerade wegen seiner Gefährlichkeit ausgemerzt wurde. Dr. Vindi erwidert, dass der Krieg eine ebenso gefährliche Krankheit sei, deren Verursacher genauso ausgemerzt werden sollten. Unterdessen erreichen Anakin, Obi-Wan und Ahsoka Tano den Theed-Palast. Ahsoka wird sofort beauftragt, zusammen mit Peppi Bow nach Padmé zu suchen, während Captain Typho den Jedi eine holografische Mitteilung zeigt, die er aus dem Gedächtnisspeicher der Droiden extrahieren konnte. In dieser Aufzeichnung erklärt Dr. Vindi seine Absicht, auf jeden Planeten eine Bombe mit dem tödlichen Virus abzuwerfen. Mithilfe des Geoscans von den von Padmé übermittelten Koordinaten, ist es Captain Typho möglich, Vermutungen über den Lagerraum der Bomben in Dr. Vindis Labor anzustellen. Nach Absprache mit Ahsoka Tano, wird beschlossen, dass das Südende des Geheimlabors mit einer Bombe gesprengt wird. So sollen die Droiden abgelenkt werden, während Obi-Wan und Anakin den Komplex über die Zugangsluken stürmen.

Die Infiltrierung des Labors verläuft zunächst planmäßig und während sich Anakin an die Befreiung Padmés und Festnahme Dr. Vindis macht, eilt Obi-Wan gemeinsam mit einem Squad speziell für Bombenentschärfungen ausgebildeter Klonkrieger zum Lagerraum, um die Virus-Bomben unschädlich zu machen.