Ein riesiger Flottenverband aus Kreuzern und Transportern unter der Führung von Obi-Wan Kenobi und Ki-Adi-Mundi trifft im Orbit über dem Planeten Geonosis ein. Während sich die beiden Jedi-Meister über den Konflikt mit den Geonosianern unterhalten, erscheinen Anakin Skywalker und seine Padawan Ahsoka Tano, die von einer Mission nach Dorin zurückgekehrt sind. Sie diskutieren über ihre Abschussergebnisse, doch Obi-Wan mahnt zur Konzentration, da die anstehende Schlacht von großer Bedeutung ist. Anakin bittet daraufhin Ahsoka das Flottenkommando zu kontaktieren, welches aber schon im Besprechungsraum via Hologramm wartet. In der Einsatzbesprechung berichtet Obi-Wan, dass die Einstzkräfte bereit und dass sich Poggle der Geringere, ein Angehöriger des Separatistenrates, in der primären Droidenfabrik, die von einem Schild geschützt wird, aufhält. Der Plan sieht eine dreigeteilte Landung an einem Rendezvouspunkt vor, um den Schildgenerator zu zerstören und Zugang zur Fabrik zu erhalten. Kanzler Palpatine äußert Bedenken bezüglich des Risikos, allerdings beschwichtigt Meister Yoda ihn, indem er darauf hinweist, wie wichtig die Gefangennahme Poggles ist. Daraufhin verschwinden die Hologramme und die Klonkommandanten Rex, Cody und Jet erscheinen. Ihnen werden die Koordinaten für den Rendezvouspunkt mitgeteilt. Cody weist auf die Verteidigungsvorrichtunge vor dem Landepunkt hin und gibt bekannt, dass Ki-Adi-Mundi mit Jet von Norden, Obi-Wan und er von Nordosten und Anakin, Ahsoka und Rex von Norden aus landen werden. Außerdem warnt Meister Mundi davor den Schildgenerator anzugreifen bevor Alle den Treffpunkt erreicht haben. Schließlich wird die Besprechung beendet und die Kommandeure beeilen sich zum Hangar.

Zuerst starten einige Y-Flügler, die die Geschütze der Geonosianer ausschalten, dann Kenobis Streitmacht. Anschließend folgen Anakins und Mundis Verbände. Anfangs ist der Beschuss durch die gegnerischen Kräfte sehr groß, wodurch Anakins Transporter mit Ahsoka und Rex an Bord von einem Geschütz getroffen auf der Oberfläche des Planeten aufschlägt. Die Überlebenden müssen sich gegen eine Garnision von Geonosianern am Boden verteidigen. Unterdessen hat auch Mundi bemerkt, dass Anakin getroffen wurde und befiehlt Cody die Läufer zu landen, da er bereits den Rendezvouspunkt erreicht hat. Dabei wird auch sein Kanonboot getroffen und es muss notlanden. Nachdem Cody den Befehl ausgeführt hat und die AT-TEs kreisförmig um den Rendezvouspunkt angeordnet hat, warnt er Kenobi davor, die Landezone aufzusuchen, da der Luftraum noch nicht frei ist. Aber Kenobis Verband wird von hinten bedrängt, sodass ihm nichts Anderes übrig bleibt als weiterzufliegen.

Allerdings kommt Obi-Wan Kenobi ebenfalls in einen Feuerregen, sodass sein Schiff abstürzt. Daraufhin wird Ki-Adi Mundi von Jet über die Ereignisse unterrichtet. Der Jedi-General ordnet an, dass sie mit den intakten AT-TE zum Treffpunkt marschieren müssen. Unterdessen befiehlt Cody nach Sichtung des abgestürtzten Kanonenbootes von Kenobi Waxer und Boil die Überlebenden zu bergen. Sie finden Kenobi und den ARF-Trooper Trapper und eskortieren diese unter schwerem Feindfeuer zurück zum Treffpunkt, wo Kenobi gleich wissen möchte, was passiert ist.

Während Ki-Adi-Mundi andernorts Panzersperren mit seinem Lichtschwert fällt, meldet sich Admiral Yularen bei ihm, dass keine Luftunterstützung mehr zur Verfügung stehe und er die Truppen koordinieren werde. Zeitgleich arbeiten sich Skywalker und Ahsoka mit den Klonkriegern weiter zu einer Mauer, die den weg versperrt. Allerdings ist die Mauer von Kampfdroiden besetzt, sodass sie in Deckung gehen müssen. Anakin ersinnt einen Plan, in dem er sich mit Ahsoka mit Seilwerfern am Hang nach oben bewegt und von oben kommend die Droiden angreift, weil er vorhat den Wall mit Thermaldetonatoren zu sprengen. Inzwischen musste Ki-Adi-Mundi seine Truppen aufteilen, um durch eine Höhle zu marschieren, während die Panzer einen Umweg ehmen. Er betritt mit den ARF-Troopern den Gang, wo sie nach kurzer Zeit von Geonosianern angegriffen werden, sich aber verteidigen können und die Feinde mit Flammenwerfern töten.Derweil gerät die landezone in satrke Bedrängnis. Anakins Plan hat Erfolg: Ahsoka und er zerstören alle Droiden, und auch gegen die plötzlich auftauchenden Droidekas können sie sich mit der Hilfe von Rex behaupten. Sie geben den mitgebrachten Sprengstoff einem verdutztern Droiden und springen von der Mauer,während der Wall explodiert. Daraufhin können sie weiter zum Treffpunkt marschieren. Anakins Trupp trifft den von Ki-Adi Mundi, der die letten brennenden Geonosianer auslöscht. Mundi ruft zur Eile uf, da der Rendezvouspunkt nicht mehr lange gehalten werden könne. Schließlich kontaktiert Anakin Yularen, der einige Y-Wing Jäger schickt, die die Landezone säubern. Der Landeplatz ist nun sicher und die Verbände treffen ein.

Nach einer kurzen Beratung über das weitere Vorgehen betreten einige Klonkrieger unter Anakins und Ahsokas Führung das vom Schild geschützte Gebiet. Sie können die feindliche Artellerie mit EMP-Granaten ausschalten, sodass die AT-TEs die restlichen den Schildgenerator und die restlichen Feindobjekte vernichten können. Durch das von den Panzern deaktivierte Schild kommen nun auch die von Ki-Adi Mundi angeführten Kanonenboote, welche weitere Verstärkung bringen, um die verbliebenen Geonosianer gefangen zu nehmen.
Während der Räumung des Gebiets unterhalten sich Anakin und Ahsoka über ihre getöteten Feinde. Ahsoka fühlt sich als Siegerin, da ihr Meister nur 54 Feinde getötet hat, sie hingegen sogar 60. Da mischt sich Ki-Adi Mundi ein. Er hat 65 getötet, woraufhin Anakin ihm seinen immerwährenden Respekt verspricht.