Nach der Zerstörung der Fabrik werden verletzte Klonsoldaten in Versorgungsschiffe transportiert. Die beiden erschöpften Padawane Ahsoka Tano und Barriss Offee verlassen ebenfalls die Planetenoberfläche. Unterdessen unterhält sich Obi-Wan Kenobi mit Luminara Unduli über den hart erkämpften Sieg. Außerdem fehlt noch immer jede Spur von Poggle dem Geringeren. Kurzerhand entscheidet sich die Jedi- Meisterin selbst auf einem BARC-Speeder nach Hinweisen über den Verbleib des Geonosianers zu suchen. Derweil flieht Poggle mit einem AAT-Panzer und einigen Geonosianern und Kampfdroiden von den Überresten der Fabrik, allerdings verlieren sie eine Kiste. An Bord eines gelandeten Acclamator Kreuzers beschäftigen sich der wieder genesene Ki-Adi-Mundi und Obi-Wan mit Karten und Berichten, als sich Luminara per Hologramm meldet, die mit dem Klonsoldaten Buzz einen Munitionsbehälter in der westlichen Wüste gefunden hat. Daher vermutet sie, dass Poggle auf dem Weg zum Progate-Tempel ist, der durch Bombardements allerdings zerstört wurde. Da betritt Anakin Skywalker den Raum und warnt vor einem Sandsturm, der bald aufziehen wird. Entgegen der Rat der drei Jedi, will Luminara aber die Suche fortsetzten und unterbricht daher die Verbindung. Während der Panzer von Poggle trotz des nun starken Sturmes weiterfährt und der Droide O.M.5 zurückgelassen wird, kommen auch der Klon und die Jedi-Meisterin immer näher. Schließlich erreichen die Beiden den Progate-Tempel, aber der Geonosianer scheint verschwunden zu sein. Luminara meldet sich bei den besorgten Jedi, da entdeckt Buzz einen Eingang zu den Katkomben. Die Jedi vermutet ,dass Poggle dort unten sein könnte. Obi-Wan rät ihr allerdings nicht weiter in den Tempel einzudringen, als ein Schrei zu hören ist und die Verbindung abbricht. Anakin beabsichtigt sofort einen Suchtrupp loszuschicken, das ist aber wegen des immer noch wütenden Sandsturmes nicht möglich.

Nachdem sich das Wetter beruhigt hat, bricht ein Kanonboot zum geonosianischen Tempel auf. Anakin, Obi-Wan und Cody führen eine kleine Klontruppe an, um den Ort nach Hinweisen zu durchsuchen. Dort findet Cody den toten Buzz und Kenobi das Lichtschwet von Luminara. Obi-Wan vermutet, ihr Verschwinden könne etwas mit einer mysteriösen geonosianischen Königin zu tun haben, da Poggle die Jedi- Meisterin nicht allein hätte bezwingen können. Daher begibt sich der Suchtrupp in den Untergrund. Durch Codys Suchgerät können sie den tiefer führenden Gang erkennen. Währendessen wird Luminara von untoten Geonosianern unter dr Führung von Poggle einen Gang entlang geschleppt. Da erwacht sie, kann einige Geonosianer ausschalten und Obi-Wan kontaktieren. Sie warnt ihn davor weiter in die Katakomben vorzurücken, doch der Kontakt bricht ab, da sie von den übrigen Untoten überrannt wird. Doch der Jedi-Meister entscheidet sich dagegen und stößt weiter vor. Kurz darauf trifft die Truppe an einer Biegung auf die Untoten, wodurch ein Kampf entbrennt. Doch die Blasterschüsse der Klonkrieger sind nutzlos gegen die Zombies und da sie sich in der Überzahl befinden, befiehlt Kenobi den Rückzug. Zuvor schießen Klone auf die Stützen des Tunnels, der daraufhin einstürtzt und die Geonosianer unter sich begräbt. Als alle sicher sind, stellt Obi-Wan fest, dass die Geonosianer untot sind und begründet das mit einem mächtigen Schwarmbewusstsein der Insekten, welches anscheinend sogar den Tod überdauert. Weiterhin versucht Anakin mit Ki-Adi Mundi Kontakt aufzunehmen, um Verstärkung anzufordern, aber er bekommt keinen Kontakt, da sich das Komlink zu weit unter der Erde befindet. Daher werden zwei Klone entsandt,damit der General informiert wird. Während die Beiden Gänge entlangschleichen, werden Untote aufsie aufmerksam und greifen sie an. Sie versuchen sich zu verteidigen, doch die Zwei werden getötet. Durch den Schrei des einen Konkriegers, eilt der übrige Trupp zur Quelle des Geräuschs und findet die beiden Leichen. Die Jedi beschließen nicht weiter an die Oberfläche vorzudringen, sondern zuerst Luminara zu retten, die unterdessen in einr Energiefalle gefangen in einer riesigen Kammer ewacht. sie sieht den Hinterleib der riesigen Königin Karina der Großen. Auch der Suchtrupp, der sich hinter einer Ecke verborgen hält, sieht die Königin.