Auf dem Balkon des Palastes von Nakha Urus, dem Führer der Dugs auf Malastare, beobachten die Jedi Mace Windu und Anakin Skywalker sowie Nakha Urus selbst, die Wissenschaftlerin Sionver Boll und der per Hologramm zugeschaltete Kanzler Palpatine den Vormarsch der separatistischen Droiden-Armee. Um die Schlacht gegen die feindliche Übermacht noch gewinnen zu können und den für das Militär wichtigen Treibstoff von Malastare zu sichern, hat Palpatine den ersten Einsatz der Elektrischen Protonenbombe von Dr. Boll angeordnet. Das elektromagnetische Feld der Bombe soll nur die Droiden außer Gefecht setzen, die Klonkrieger und die Dugs jedoch unversehrt lassen. Die Klontruppen haben den Befehl erhalten, die anrückenden Kampfdroiden so lange aufzuhalten, bis die Bombe einsatzbereit ist. Nachdem die Separatisten den Angriff eingeläutet haben, befielt Anakin Skywalker den Einsatz der Bombe. An der Seite von weiteren Y-Bombern und ARC-170 Sternjägern fliegt der Bomber mit der Protonenbombe auf die feindlichen Linien zu und wirft die Bombe ab. Nach einer mächtigen Detonationswelle entlädt sich das elektromagnetische Feld und breitet sich weit über das eigentliche Schlachtfeld hinaus aus. Alle Droiden und Fahrzeuge werden lahmgelegt und die Schlacht scheint entschieden. Plötzlich reißt ein gewaltiger Krater an der Abwurfstelle der Protonenbombe auf und breitet sich immer weiter aus. Viele Klonkrieger und deren Kriegsmaterial werden von dem Krater verschluckt, bis dessen Ausbreitung zum Stehen kommt. In der anschließenden Abschlussbesprechung mit Kanzler Palpatine teilen die Jedi ihm die Situation mit. Palpatine drängt Nakha Urus, einen Vertrag zu unterzeichnen, der der Republik den vollen Zugang zu den Treibstoffreserven auf Malastare erlaubt. Urus weist darauf hin, dass der Vertrag erst vom Rat der Dugs verabschiedet werden muss. Captain Rex vermeldet kurz darauf, dass sie die Verbindung zum Rettungsteam im Krater verloren haben. Skywalker, Windu und Urus brechen daher in einem Kanonenboot zu der Unglücksstelle auf.

Während Skywalker mit Urus am Rande des Kraters zurückbleibt, fliegt Windu mit einigen Klonsoldaten hinein, um das verlorene Rettungsteam ausfindig zu machen. Sie finden einen Überlebenden, der ihnen mitteilt, dass sie nicht alleine in dem Krater sind. Nachdem Skywalker einige Formalitäten mit den Nakha Urus besprochen hat, bittet Windu ihn via Komlink, ebenfalls in den Krater zu kommen. Nach einiger Zeit finden Windu und seine Klonkrieger in der scheinbar leeren Schlucht ein gewaltiges Monster vor. Sie treten die Flucht an und bitten Skywalker, der in seinem Sternjäger auf dem Weg zu ihnen ist, um Hilfe. Indem er mit seinem Jäger um das Monster kreist, kann Skywalker es ablenken, so dass Windu und die Klone ihr Kanonenboot besteigen und fliehen können. Letztendlich wird Skywalkers Jäger von der Bestie getroffen und stürzt ab. Als er versucht, es mit seinem Lichtschwert anzugreifen, muss er feststellen, dass seine Waffe nutzlos gegen das Monster ist. Indem er sich an seinen Astromechdroiden R2-D2 festklammert, kann Skywalker aus dem Krater entkommen und stößt wieder auf die anderen. Nakha Urus erklärt ihnen, dass es sich bei dem Monster um eine Zillo-Bestie handelt – eine Spezies, von der angenommen wurde, dass sie von den Vorfahren der Dugs ausgerottet worden ist. Die Dugs beginnen damit, die Zillo-Bestie mit Sprengkörpern zu bekämpfen, jedoch ohne sichtbaren Erfolg. Windu und Skywalker begeben sich in das Zelt von Nakha Urus und wollen ihn überreden, die Bestie nicht zu töten, da sie eine einzigartige Lebensform ist und bisher nur aus Verteidigungsgründen angegriffen hat. Urus sieht im Töten der Bestie jedoch eine heilige Pflicht und erpresst die Jedi: Sollten sie die Treibstoffe haben wollen, müssen sie den Dugs bei der Bekämpfung der Bestie helfen. Windu verweigert seine Unterstützung aufgrund des gegebenen Jedi-Kodex, doch die Dugs sind entschlossen, ihren Plan durchzuziehen. In einer weiteren Konferenz mit Kanzler Palpatine teilen die Jedi und Dr. Boll ihm die Entdeckung der Zillo-Bestie mit. Palpatine findet sie zwar beeindruckend, sieht zunächst jedoch keinen Nutzen darin, die Bestie zu verschonen und so den Vertrag mit den Dugs aufs Spiel zu setzen. Dr. Boll ist der Ansicht, dass es im Interesse der Republik sei, die Bestie zu untersuchen, um möglicherweise ihre unzerstörbare Haut als Konzept für eine neuartige Panzerung zu verwenden. Skywalker meint, dass es möglich sei, die Dugs zu überzeugen, die Zillo-Bestie getötet zu haben, sie jedoch nur zu betäuben und von Malastare zu schaffen.

Die Jedi rücken nach der Besprechung mit Betäubungspanzern an dem Krater an und treffen auf Nakha Urus. Der Dug ist froh, dass die Jedi ihnen nun doch helfen wollen, ist vom Erfolg der Panzer jedoch nicht überzeugt. Er ordnet an, den Krater mit dem Malastare-Treibstoff zu füllen – eine Methode, die sich in der Vergangenheit schon als erfolgreich gegen Zillo-Bestien erwiesen hat. Windu warnt Urus, dass sich die Zillo-Bestie womöglich provoziert fühlen und den Krater verlassen wird. So kommt es schließlich auch, so dass die Jedi ihre Vielzahl Betäubungspanzer einsetzen lassen. Die Strahlen treffen die Bestie zwar, können es jedoch nicht sofort aufhalten, so dass es eine Schneise der Verwüstung hinterlässt. Nach einiger Zeit wird ihr Nervensystem immer weiter geschwächt und die Bestie fällt regungslos zu Boden. Windu und Skywalker sind erleichtert, dass es funktioniert hat; nun müssen sie die Bestie noch von dem Planeten schaffen. Nach dem Sieg über die Bestie findet der Vertragsabschluss zwischen der Republik und den Dugs in deren Palast statt. Kanzler Palpatine teilt den Jedi eine Änderung des Plans bezüglich der Zillo-Bestie mit: Anstatt sie auf einen anderen Planeten umzusiedeln, soll sie – auf Anraten von Palpatines Wissenschaftsberatern – zunächst auf Coruscant untersucht werden. Windu ist sich nicht sicher, ob dies die angebrachteste Entscheidung ist. Allerings lässt der Jedi den Abtransport nach Coruscant zu, mit dem kurze Zeit später begonnen wird.