An Bord eines kleinen republikanischen Kreuzers lehrt der Klonkrieger Crasher die Klonjugendbrigade, was es bedeutet, ein Klonsoldat zu sein. Wenig später dockt der Kreuzer an die Endurance an. Die Klonkadetten Hotshot und 1174 bemerken dabei, dass einer von ihnen, Boba Fett, der sich auf das Schiff eingeschleust hat, um sich an Mace Windu für den Mord an seinem Vater zu rächen, kein Mitglied dieser Klonjugendbrigade ist. Auf ihre Nachfrage hin erklärt Boba, der unter dem Decknamen „Lucky“ auftritt, dass er bei dem Besuch seiner Brigade nicht an der Exkursion hatte teilnehmen können, da sein Arm gebrochen war. Als ihn Hotshot daraufhin verspottet, erhält Boba Unterstützung von Jax, sodass sich Hotshot und 1174 entfernen. Die Brigade betritt schließlich über eine Andockschleuse die Endurance, wo sie von Windu und Anakin Skywalker begrüßt werden. Anakin erklärt ihnen dabei, dass sie nun die Gelegenheit hätten, gemeinsam mit zwei Jedi zu trainieren, wobei er jedoch von Kommander Ponds unterbrochen wird, der ihm mitteilt, dass sie neue Befehle erhalten hätten. Crasher begleitet die Jugendbrigade daraufhin zu Admiral Shoan Kilian, der mit ihnen das Zielschießen übt. Während Jax und 1174 ihr Ziel verfehlen, trifft Boba sämtliche Objekte, woraufhin ihn die anderen Kadetten anfeuern. Crasher beendet ihre Rufe und führt sie auf das Beobachtungsdeck 13, während er unterwegs das Wissen der Klonkadetten über den Jedikreuzer abfragt. Boba kann sich dabei unbemerkt von der Gruppe entfernen und nimmt Kontakt zu der Kopfgeldjägerin Aurra Sing auf. Sie weist ihn dabei an, eine Bombe in Windus Kabine zu platzieren.

Nachdem Boba die Übertragung beendet hat, begibt er sich zu Windus Quartier, wo er unbemerkt die Bombe platzieren kann. Jedoch stößt er auf dem Rückweg zur Gruppe versehentlich mit Windu zusammen, bei dem er sich für seine Unachtsamkeit entschuldigt und unbemerkt zu den Klonkadetten zurückkehren kann. Windu ist derweil bei seinem Quartier angelangt, wo er jedoch von einem Klon abgefangen wird, der ihm mitteilt, dass General Skywalker ihn unverzüglich in der Kommandozentrale sehen wolle. Daraufhin bittet Windu den Klon, etwas für ihn in sein Quartier zu bringen. Als er den Raum betritt, explodiert Bobas Bombe und zerstört die Kabine. Windu zieht den Klon mithilfe der Macht aus der Explosion, jedoch ist dieser bereits tot. Auch Crasher hört das Alarmsignal und fragte einen vorbeilaufenden Soldaten, was passiert sei. Dieser teilte ihm die Lage mit, worauf Boba überrascht über Windus Überleben ist. Anakin und Windu begeben sich daraufhin zu dem zerstörten Quartier und analysieren die Situation, wobei Anakin feststellt, dass kein Unfall dafür verantwortlich sein konnte. Sie vermuten jedoch, dass die Hauptsteuerung das Ziel des Anschlags sein könnte, da diese nicht weit von Windus Quartier entfernt ist. Windu stellt eine Komlinkverbindung zu Admiral Kilian her, der ihm berichtet, dass die Hauptsteuerung durch die Explosion beeinträchtigt ist, weshalb sie die Umlaufbahn Vanqors nicht verlassen können. Anakin und Windu entsenden eine Einheit von Klonkriegern, um den Attentäter zu finden, während Boba Aurra Sing kontaktiert und ihr mitteilt, dass das Attentat missglückt sei. Sie beauftragt ihn daraufhin damit, den Hauptreaktor zu sprengen, worauf Boba zögert, sich letztendlich aber an die Arbeit macht.

Im Maschinenraum wird er jedoch von CT-1477 aufgehalten, dem er erzählt, er habe sich verlaufen und wäre auf der Suche nach seiner Kompanie. CT-1477 kontaktiert daraufhin einen anderen Klon und beauftragt ihn damit, Boba abzuholen, da die Sicherheitsvorschriften aufgrund der Notfallregelung heraufgesetzt worden sind. Boba fragte ihn, ob er sich einmal seine Waffe ansehen könne, worauf der Klon zustimmt. Jedoch nutzt Boba diese, um ihn niederzuschlagen und zu betäuben, woraufhin er die Waffe auf Feuern umstellt und den Hauptreaktor des Schiffes zerstört. Derweil gehen Anakin, Kilian, Windu und einige Klone den Korridor entlang, als sie die Explosion des Hauptreaktors bemerken, die ein Teil des Schiffes wegbrechen lässt. Die drei werden dadurch beinahe ins Vakuum gezogen, jedoch kann Anakin schließlich die Druckschotts schließen. Er, Windu und einige Klone, die die Explosion überlebt haben, machen sich daraufhin auf den Weg zum Hauptreaktor und stellen dort fest, dass dieser nicht mehr funktionstüchtig ist, wodurch sie gezwungen sind, das Schiff zu verlassen. Während Anakin R2-D2 die Sternjäger startklar machen lässt, befiehlt Kilian Crasher und den Klonkadetten, sich in die Rettungskapseln zu begeben und zum Stützpunkt zurückzukehren.

Crasher und die Kadetten befolgen den Befehl und starten, jedoch will Boba verhindern, dass er zusammen mit den anderen zu dem von Crasher befohlenen Stützpunkt gelangt, weshalb er absichtlich einen Knopf betätigt, der die Kapsel beschädigt. Diese gerät nun außer Kontrolle und fliegt am Stützpunkt vorbei. An Bord der Endurance starten Anakin und Windu derweil ihre Jäger und fliehen aus dem abstürzenden Kreuzer. Anakin erhielt im Cockpit seines Jägers eine Nachricht von Crasher, der ihm mitteilt, dass eine Kapsel mit Klonkadetten nicht am Stützpunkt angekommen ist. An Bord der Rettungskapsel dockt währenddessen die Sklave I an, um Boba abzuholen. Aurra Sing betritt die Kapsel und führt mit Boba ein kurzes Gespräch, ob sie die restlichen Kadetten am Leben lassen sollten. Dabei erklärt Aurra Boba, dass er, wenn er sie nicht zurücklassen könnte, ebenfalls an Bord bleiben sollte. Nach einigen Zögern betritt Boba schließlich die Sklave I, die daraufhin abfliegt. Jedoch können die Kadetten dennoch von Anakin und Windu gerettet werden, die kurz darauf eintreffen.