In der Galaxis toben die Klonkriege. Im Äußeren Rande der Galaxis entwickelt sich der Krieg zu Gunsten der Separatisten. Diese entführen den Sohn des mächtigen Gangsterbosses Jabba der Hutt. Hiermit wollen sie erreichen, dass dieser die Galaktische Republik um Hilfe bittet, denn wenn diesen die Rettung seines Kindes fehlschlägt, so könnte sich Jabba den Separatisten zuwenden. Der Jedi-Meister Yoda entscheidet sich Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker auf diese Mission zu schicken.

Kenobi und Skywalker sind mit ihrer Armee von Klonkriegern momentan auf dem Planeten Christophsis stationiert, wo sie gegen den separatistischen General Whorm Lohatsom und seine Kampfdroiden kämpfen.Die Lage ist ernst, die Klonkrieger weit in der Unterzahl. Nach einigen Kämpfen stößt Hilfe zu den Klonen, als der junge, weibliche Padawan Ahsoka Tano mit zur Verstärkung eintrifft. Es stellt sich heraus, dass das junge Mädchen nicht wie erwartet Obi-Wan, sondern Anakin zugeteilt worden ist. Anakin, der eigentlich keinen Schüler will, reagiert zuerst eher negativ auf Ahsoka. Er schleicht jedoch mit ihr hinter die feindlichen Linien, um den Schildgenerator, das Rückgrat der Separatisten des Planeten, auszuschalten, was schließlich auch gelingt. Die Separatisten werden geschlagen.

Die drei Jedi werden nun von Meister Yoda mit dem Auftrag der Rettung des Sohnes Jabbas, Rotta, betraut. Anakin und sein neuer Schüler, deren Verhältnis sich mittlerweise gebessert hat, sollen ihn aus einem wohl verlassenem Kloster retten. Er wird dort von Separatisten festgehalten, was die Republik jedoch nicht weiß. Obi-Wan soll nach Tatooine zu Jabba gehen, um dort die Verhandlungen aufzunehmen.

Anakin und Ahsoka greifen nun auf Teth mit einer Armee Klonkrieger das stark befestigte, auf einem sehr steilen Berg liegende Kloster an. Sie werden zur Landung auf dem Waldboden gezwungen und müssen so mit Seilen und Kampfläufern den Berg erklimmen. Dabei werden sie bereits von Kampfdroiden beschossen. Nachdem sie oben angekommen sind und die Besatzung ausgelöscht haben, betreten sie das dunkle Innere des Klosters. Hier werden sie von einem Droiden begrüßt, der sich als Verwalter des Hauses vorstellt. Er erzählt ihnen von den Gefängnissen des Klosters. Ahsoka und Anakin trennen sich von den Klonkriegern und steigen in die besagten Kerker. Hier finden sie den kleinen, kranken Huttling und nehmen ihn mit. Auf Teth treffen aber weitere Droidentruppen unter dem Kommando der dunklen Jedi Asajj Ventress ein, welche die Klone davon abhalten wollen den Huttling aus der Festung zu retten. Nach einigen Kämpfen mit Droiden und Ventress können Ahsoka und Anakin mit Rotta vom Berg flüchten. Währenddessen kommt der Anführer der Separatisten, Count Dooku, ebenfalls bei Jabba an und zeigt ihm Aufnahmen von Anakin und Ahsoka, die es so aussehen lassen, als ob sie Rotta entführt hätten. Ventress, die bereits vor dem Eintreffen der neuen Droiden im Kloster anwesend gewesen war, hatte Dooku diese zuvor zugesendet. Er bietet dem Hutten an, sich den Separatisten anzuschließen, damit sie seinen Sohn zurückbringen.

Auf Teth sind Anakin und Ahsoka gerade an einem Frachtschiff angekommen, mit dem sie nach Tatooine fliegen wollen. Aus diesem entsteigt plötzlich der angebliche Verwalter-Droide, der sich als Separatist entpuppt. Anakin und sein neuer Schüler können den Droiden und die Kampfdroiden des Schiffes eliminieren. Sie übernehmen schließlich die Kontrolle über das alte Schiff. Über Teth tobt aber eine Raumschlacht zwischen Jägern der Republik und den ferngesteuerten Raumschiffen der Separatisten. Die beiden wollen in einem republikanischen Kreuzer landen, als einer der Droidenjäger mitten im Hangar abstürzt und der Hangar unbrauchbar gemacht wird. Daraufhin müssen Anakin und Ahsoka mit dem Frachter allein nach Tatooine fliegen, um dort Rotta an seinen Vater zu übergeben. Gerade gestartet wird das Schiff jedoch abgeschossen und muss mitten in der Wüste, nahe dem Palast von Jabba the Hutt, landen. Die beiden beschließen, zu Fuß zum Palast zu gehen.

Im Kloster von Teth trifft zur selben Zeit Obi-Wan Kenobi auf Asajj Ventress, woraufhin die beiden sich mit dem Laserschwert duellieren. Nach einem recht ausgeglichenem Kampf muss Ventress jedoch die Flucht ergreifen.

Später beschließen Anakin und Ahsoka auf Tatooine, sich aufzuteilen, da Anakin spürt, dass eine dunkle Präsenz immer näher kommt. Anakin geht alleine zum Palast und Ahsoka nimmt mit Rotta und R2-D2 einen anderen Weg. Anakin wird auf seiner Route durch die Wüste unerwartet von Count Dooku angegriffen. Dieser glaubt, Anakin habe Rotta bei sich, da er den Rucksack, im welchen die beiden Jedi den Hutt transportiert hatten, auf dem Rücken trägt. Die beiden duellieren sich, doch als Anakin Dooku seine List offenbart, zeigt der ihm Aufnahmen davon, wie seine Magna-Wachen die junge Ahsoka attackieren. Anakin flieht daraufhin von Dooku zum Palast. Obi-Wan hat zu dieser Zeit sein Duell mit Ventress beendet und kehrt wieder zurück auf seinen Raumkreuzer.

Auf Coruscant, der Hauptwelt der Republik, trägt sich derweil etwas anderes zu. Senatorin Amidala, Anakins heimliche Geliebte, hat von der Mission der Jedi erfahren und will versuchen, den ortsansässigen Hutten Ziro, Jabbas Onkel, auf die Seite der Republik zu ziehen. Ziro lehnt aber entschieden ab. Als sich die Senatorin dann jedoch von dem Droiden, der sie hinausbegleitet, losreißt, kann sie ein Gespräch des Hutten mit einem Hologramm Count Dookus belauschen, wodurch sie herausfindet, dass Ziro Count Dooku dabei geholfen hat, Rotta zu entführen. Padmé wird aber von Ziros Leibwachen ergriffen und verhaftet.

Amidala schafft es jedoch durch Zufall kurz C-3PO, ihren Protokolldroiden, zu kontaktieren. Dieser trifft wenig später mit mehreren Klonen ein, die Ziro überwältigen. Dieser wird nun gezwungen Jabba zu kontaktieren und ihm seine Intrige zu gestehen.

Auf Tatooine ist Anakin mit dem Düsenschlitten Count Dookus unterwegs zu Jabbas Palast. Als er ankommt und wieder mit Ahsoka vereint wird, übergeben die beiden Jabba seinen Sohn. Trotzdem will Jabba sie umbringen lassen. Kurz bevor zwischen Jabbas Schergen und den beiden Jedi ein Kampf ausbricht, trifft Ziros Geständnis ein. Jabba lässt die beiden Jedi ziehen und die Republik, die von ihm kontrollierten Hyperraumstraßen benutzen. Anakin und Ahsoka werden schließlich wieder von Tatooine abgeholt.

Star Wars: The Clone Wars wurde von der Filmbewertungsstelle Wiesbaden mit dem Prädikat Wertvoll ausgezeichnet. Die Filmbewertungsstelle Wiesbaden ist eine staatliche Einrichtung der 16 Bundesländer und besitzt der Status einer höheren Landesbehörde. Die Prädikate sind Empfehlungen für Kinogänger und Mediennutzer und dienen Kindern und Eltern zur Orientierung, um aus dem entsprechenden Angebot (Kino, DVD) auszuwählen. "Krieg der Sterne" hat 1977 übrigends das "Prädikat besonders wertvoll" erhalten. Die fünf anderen Star Wars Filme haben allerdings kein Prädikat erhalten.

Die Begründung der Filmbewertungsstelle Wiesbaden für The Clone Wars:

Klar ist die Zielgruppe für diese animierte Star Wars-Episode definiert: die junge Video-Game-Generation. Ihren Sehgewohnheiten entsprechend wurden die bekannten Figuren der Star Wars-Saga animiert. Und entsprechend sind auch die Dialogpartien ihren Hörgewohnheiten angepasst: Schöne Wortspiele und freche Wortscharmützel zwischen den Hauptfiguren Anakin Skywalker und Ashoka.

Wohltuend ist der Verzicht auf übertriebene Gewaltszenen. Letztendlich sind die "Opfer“ bei den leider etwas zu lang geratenen Schlachtszenen nur Roboter. So konzentriert sich die Geschichte mehr auf das Intrigenspiel der verschiedenen Interessengruppen im Krieg der Sterne. Dies ist im Drehbuch raffiniert vielschichtig, aber auch etwas kompliziert angelegt, was bei der Vielzahl der Akteure für nicht eingefleischte Star Wars-Kenner etwas verwirrend sein mag.

Neu ist, dass hier nicht einmal mehr die überdeutliche Helden-Dominanz des männlichen Geschlechtes gefeiert wird, sondern drei starke Frauenfiguren im Mittelpunkt des Geschehens stehen: Skywalkers Begleiterin Ashoka, immer mit frechen Kommentaren unterwegs, sowie die Senatorin des Imperiums und Ventress, die böse Jedi.

Auch wenn die Kultgemeinde der Star Wars-Saga an diesen Film andere Erwartungen gehegt haben dürfte, ist der George Lucas-Produktion ein eigenständiges Animations-Kunstwerk gelungen, das den märchenhaften Zauber und den ironischen Touch des Originals bewahrt hat.

Die musikalische Begleitung und die Aufbereitung der Titel-Grafik unterstreichen diese Absicht. Ein extra Lob verdient auch die gute Synchronisation.